不久，“朱红灯构乱，倡言灭教。”对官员来说，最怕这个乱字，一乱，他就有丢乌纱帽的危险。现在朱红灯以灭教的名义来造反，对不起，镇压老百姓，他是绝对无情的。“毓贤令知府卢昌诒按问，匪击杀数十人。”哪晓得官兵根本不是对手，无法遏制这股事实上的带有相当盲动性质的农民起义，于是改剿为抚。义和拳由民间乌合之众，摇身一变，成了被官方承认的一支武装力量，就是从他在山东任上开始的。《清史稿》说他“更名曰团，团建旗帜，皆署毓字。教士乞保护，置勿问，匪浸炽。法使诘总署，乃徵还”。
若按美国公使的意见，他本该永不录用。也许由于法国公使的质询的口气，不那么十分坚决，他由山东调回北京，在载漪的支持下，终于出任山西巡抚。
这政府也太可怜点了，要不就死硬，要不就软鸡蛋一枚。
毓贤到了太原以后，“于是拳术渐被山西，平阳府县上书，言匪事，毓贤痛斥之。匪益炽，毓贤更命制钢刀数百，赐拳童，令演习。其酋出入抚署，款若上宾。居无何，朝旨申命保教民。毓贤阳遵旨，行下文书稠叠，教士咸感悦。未几，又命传致教士驻省城，曰县中兵力薄，防疏失也。教士先后至者七十余人，乃扃聚一室，卫以兵，时致蔬果。一日……呼七十余人至，令自承悔教，教民不肯承，乃悉出斩之。妇孺就死，呼号声不忍闻。”